Secara embrional Universitas Muhammadiyah (Unmuh) Ponorogo berdiri tahun 1968, diawali dengan berdirinya Fakultas Tarbiyah Jurusan Pendidikan Agama Islam, Institut Agama Islam Muhammadiyah Ponorogo yang berinduk ke Surakarta. Selanjutnya, berdasarkan SK Menteri Agama RI Nomor 86 Tahun 1978 tanggal 15 Agustus 1978, jurusan tersebut mendapatkan status diakui.Ā Pada tahun 1975 berdiri Fakultas Ilmu Sosial (FIS) Jurusan Ilmu Kesejahteraan Sosial (S-1). Selanjutnya, pada tahun 1979 dibuka Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan (FKIP) Jurusan Pendidikan Umum/Kurikulum dan Teknologi Pendidikan, yang keduanya berstatus sebagai cabang Unmuh Malang. Tahun Akademik 1982/1983 dengan keluarnya ketentuan passing out bagi fakultas-fakultas cabang, tokoh-tokoh Muhammadiyah Daerah Ponorogo didukung segenap eksponen pendidikan yang ada merintis berdirinya Unmuh Ponorogosecara mandiri dengan menambah fakultas baru: Fakultas Ekonomi dan Fakultas Teknik.Ā Bermodalkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Nomor 0572/O/1984 tentang Pemberian Status Terdaftar kepada jurusan-jurusan di lingkungan Unmuh Ponorogo, keluarlah Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayan Republik Indonesia Nomor 0813/O/1986 tanggal 19 November 1986 yang mengesahkan berdirinya Unmuh Ponorogo dengan lima fakultas dan tujuh jurusan. Masing-masing adalah (1) Fakultas Tarbiyah dengan Jurusan Pendidikan Agama Islam (S-1); (2) Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik dengan Jurusan Ilmu Kesejahteraan Sosial (S-1); (3) Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan dengan Jurusan Pendidikan PMP & KN (S-1) dan Pendidikan Matematika (S-1); (4) Fakultas Ekonomi dengan Jurusan Manajemen (S-1) dan Jurusan IESP (S-1); Ā dan (5) Fakultas Teknik dengan Jurusan Teknik Mesin (S-1).Ā
Pada tahun 1993 Unmuh Ponorogo berhasil membuka sejumlah jurusanĀ baru: Jurusan Ilmu Pemerintahan (S-1) di FISIP, Jurusan Pendidikan Bahasa Inggris (S-1) di FKIP, dan Jurusan Akuntansi (D-3) di FE, serta berdiri Akademi Keperawatan (D-3) di bawah Departemen Kesehatan RI.Ā Tahun-tahun berikutnya, yakni tahun 1996 dibuka Jurusan Teknik Elektro (S-1) di FT. Tahun 1998 dibuka Jurusan Ilmu Komunikasi (D-3) di FISIP dan Jurusan Keuangan Perbankan (D-3) di FE. Tahun 2000 dibuka Program Akta IV dan D-2 PGMI di Fakultas Tarbiyah. Tahun 2005 dibuka Jurusan Ilmu Komunikasi (S-1) di FISIP dan Jurusan Teknik Informatika (S-1) di FT.Ā Pada tanggal 30 Juni 2006, dengan keluarnya SK Nomor 101/D/O/2006, Program Studi D-3 Keperawatan telah berhasil mengalihkan perizinan pembinaannya dari Departemen Kesehatan ke Departemen Pendidikan Nasional.
Pengalihan pembinaan tersebut untuk memudahkan pengawasan atas penyelenggaraan pendidikan tinggi, khususnya di Fakultas Ilmu Kesehatan (FIK) Jurusan D-3 Keperawatan. Pada tanggal 4 Juli 2011 dibuka Prodi D-3 KebidananĀ dengan SK Nomor 7640/D/T/K-VII/2011. Selanjutnya, pada 17 April 2012 dibuka Prodi Keperawatan (S-1) dengan SK Nomor 126/E/O/2012.Ā Untuk mewujudkan visi, misi, dan tujuan sebagai kampus Islami, Unmuh Ponorogo pada Tahun Akademik 2012/2013 mendirikan Program Pascasarjana S-2 PAI dengan SK Dirjen Pedidikan Islam Nomor 3814 Tahun 2012. Selanjutnya, pada Tahun Akademik 2014/2015, Unmuh Ponorogo membuka Program Studi S-1 Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah berdasarkan SK Dirjen Pendidikan Islam Nomor 3656 Tahun 2014 tertanggal 1 Juli 2014.Ā Untuk memenuhi menguatkan profesionalitas alumni S-1 Keperawatan, Unmuh Ponorogo membuka Program Profesi Ners berdasarkan SK Mendikbud Nomor 228/E/O/2014 tanggal 7 Juli 2014. Pada tanggal 27 Agustus 2014 Unmuh Ponorogo juga membuka Prodi Pendidikan Guru PAUD dengan SK Mendikbud Nomor 357/E/O/2014. Selanjutnya pada 10 September 2014 dibuka pula Prodi Ilmu Hukum (S-1) dengan SK Nomor 386/E/O/2014 yang diperkuat dengan berdirinya 3 Prodi di FAI yaitu S-1 Psikologi Islam berdasarkan SK Menteri Agama RI Nomor 261 Tahun 2019, S-1 Ilmu Perpustakaan dan Informasi IslamĀ berdasarkan SK Menteri Agama RI Nomor 262 Tahun 2019, S-1 Ekonomi Syariah berdasarkan SK Menteri Agama RI Nomor 275 Tahun 2019 tertanggal 22 MeiĀ 2019. Hingga tahun 2020, Unmuh Ponorogo telah memiliki 7 fakultas, 1 program magister, dan 1 program profesi. Ketujuh fakultas tersebut meliputi FakultasĀ Agama Islam (FAI) dengan 5 program studi S-1: PAI, PGMI, Psikologi Islam, Ekonomi Syariah, dan Ilmu Perpustakaan dan Informasi Islam; Fakultas IlmuSosial dan Ilmu Politik (FISIP) dengan 2 program studi S-1: Ilmu PemerintahanĀ dan Ilmu Komunikasi; Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan dengan 4 programstudi S-1: PPKn, Pendidikan Bahasa Inggris, Pendidikan Matematika, dan PGPAUD; Fakultas Ekonomi dengan 1 program studi D-3 Akuntansi dan 3 program studi S-1: Manajemen, Akuntansi, dan Ilmu Ekonomi Pembangunan; Fakultas Teknik dengan 3 program studi S-1: Teknik Mesin, Teknik Elektro, dan Teknik Informatika; Fakultas Ilmu Kesehatan (FIK) dengan 2 program studi D-3: Keperawatan dan Kebidanan, 1 program studi S-1 Ilmu Keperawatan, dan 1 program profesi: Ners; serta Fakultas Hukum dengan 1 program studi S-1 Ilmu Hukum. Adapun program magister yang dimiliki Unmuh Ponorogo adalah S-2 Pendidikan Agama Islam.Ā